San Juan Capistrano, özellikle birçok cazibe noktasının yürüme mesafesinde bulunduğu şehir merkezinde, yaya dostu bir ortam sunar. Mission ve Los Rios Street'in de yer aldığı tarihi bölge, kompakt yapısıyla yürüyerek kolayca dolaşılabilir; kaldırımlar ve yaya geçitleri güvenli erişimi destekler. Ilıman Güney Kaliforniya havası, yürümeyi bir ulaşım seçeneği olarak daha da cazip kılar. Ancak, merkezi bölgenin ötesindeki alanlar, mesafelerin daha uzun olması nedeniyle alternatif ulaşıma ihtiyaç duyabilir. Genel olarak, yürümek, kasabanın tarihi çekiciliğini ve yakın olanaklarını keşfetmenin pratik bir yoludur.

San Juan Capistrano’da bisiklet sürmek çeşitli fırsatlar sunar. Kaldırımlar ve belirli bölgelerde bisiklet dostu güzergâhlar gibi bazı altyapılar mevcuttur. Şehrin kompakt yerleşimi, başlıca varış noktalarına bisikletle ulaşımı kolaylaştırır, ancak bazı güzergâhlar daha yoğun sokaklardan gitmeyi gerektirebilir. Ilıman havalar genellikle yıl boyunca bisiklete binme koşullarının rahat olmasını sağlar. Ancak özel bisiklet yollarının kullanılabilirliği değişiklik gösterebilir, bu nedenle yolcular güvenliği sağlamak için güzergâhları dikkatlice planlamalıdır.

San Juan Capistrano'da toplu taşıma, bölgede ulaşım için faydalı olabilecek seçenekler sunar. Metrolink tren hizmeti, şehri Güney Kaliforniya'nın diğer bölgelerine bağlayarak bölgesel seyahat için elverişli bir seçenek oluşturur. Yerel otobüs hizmetleri ve servisler de hizmet verir ve önemli noktalara erişim sağlar. Kasabanın özellikle tarihi bölge çevresindeki kompakt ve yürünebilir yapısı, toplu taşımayı tamamlar. Ancak bazı bölgeler, mesafe veya sınırlı hatlar nedeniyle ek planlama gerektirebilir. Ilıman hava, yıl boyunca genel olarak toplu taşımayla rahat yolculuğu destekler.