San Juan Capistrano nabízí prostředí přívětivé pro pěší, zejména v centru města, kde se mnoho atrakcí nachází v docházkové vzdálenosti. Historická čtvrť, včetně misie a ulice Los Rios, je kompaktní a snadno přístupná pěšky, chodníky a přechody zajišťují bezpečný pohyb. Mírné klima jižní Kalifornie navíc chůzi jako způsob dopravy ještě více zpříjemňuje. Oblasti mimo centrum však mohou kvůli větším vzdálenostem vyžadovat jiný způsob dopravy. Celkově je chůze praktickým způsobem, jak poznat historické kouzlo města a blízké služby.

V San Juan Capistrano se dá jezdit na kole. V některých oblastech je k dispozici určitá infrastruktura, jako jsou chodníky nebo trasy pro cyklisty. Díky kompaktnímu uspořádání se dá snadno dostat do klíčových cílů na kole, i když některé trasy můžou vyžadovat jízdu po rušnějších ulicích. Mírné počasí obvykle podporuje pohodovou jízdu na kole po celý rok. Dostupnost vyhrazených cyklopruhů se ale může lišit, takže by cestující měli trasy plánovat pečlivě, aby byli v bezpečí.

Veřejná doprava v San Juan Capistrano nabízí možnosti, které mohou být užitečné pro pohyb po této oblasti. Vlaková služba Metrolink spojuje město s dalšími částmi jižní Kalifornie, což z ní činí pohodlnou volbu pro regionální cestování. Místní autobusové linky a kyvadlové dopravy také fungují a zajišťují přístup k hlavním cílům. Kompaktní a pěší zóna města, zejména v okolí historické čtvrti, dobře doplňuje veřejnou dopravu. Některé části však mohou vyžadovat další plánování kvůli vzdálenosti nebo omezeným trasám. Mírné počasí obecně umožňuje pohodlné cestování veřejnou dopravou po celý rok.