San Juan Capistrano nudi okruženje pogodno za pješake, osobito u svom središtu, gdje se mnoge atrakcije nalaze na pješačkoj udaljenosti. Povijesna četvrt, uključujući Misiju i ulicu Los Rios, kompaktna je i lako prohodna pješice, s nogostupima i pješačkim prijelazima koji omogućuju siguran pristup. Blaga klima južne Kalifornije dodatno pogoduje hodanju kao načinu prijevoza. Ipak, za područja izvan središnje zone možda će biti potrebni alternativni oblici prijevoza zbog većih udaljenosti. Sve u svemu, hodanje je praktičan način za istraživanje povijesnog šarma grada i obližnjih sadržaja.

Vožnja biciklom u San Juan Capistranu nudi niz mogućnosti, a u određenim područjima dostupna je infrastruktura poput pločnika i ruta prilagođenih biciklima. Zbog kompaktnog uređenja grada relativno je jednostavno doći do ključnih odredišta biciklom, iako je za neke rute možda potrebna navigacija prometnijim ulicama. Blaga vrijeme općenito podržava ugodne uvjete za vožnju biciklom tijekom cijele godine. Međutim, dostupnost namjenskih biciklističkih staza može varirati, stoga bi korisnici trebali pažljivo planirati rute kako bi osigurali sigurnost.

Javni prijevoz u San Juan Capistranu uključuje opcije koje mogu biti korisne za kretanje po tom području. Metrolink željeznički servis povezuje grad s drugim dijelovima južne Kalifornije, što ga čini praktičnim izborom za regionalna putovanja. Također prometuju lokalni autobusi i shuttle prijevozi, omogućujući pristup ključnim odredištima. Kompaktni i prohodni raspored grada, osobito oko povijesne jezgre, nadopunjuje javni prijevoz. Ipak, za neka područja može biti potrebno dodatno planiranje zbog udaljenosti ili ograničenih ruta. Blaga klima općenito omogućuje ugodno putovanje javnim prijevozom tijekom cijele godine.