San Juan Capistrano tarjoaa jalankulkijaystävällisen ympäristön, erityisesti keskustan alueella, jossa monet nähtävyydet sijaitsevat kävelymatkan päässä toisistaan. Historiallinen alue, mukaan lukien Mission ja Los Rios Street, on tiivis ja helposti kuljettavissa jalan, ja jalkakäytävät sekä suojatiet mahdollistavat turvallisen liikkumisen. Lämmin Etelä-Kalifornian sää tekee kävelystä entistä miellyttävämmän liikkumismuodon. Keskustan ulkopuolella etäisyydet voivat kuitenkin olla pidempiä, jolloin vaihtoehtoiset kulkumuodot voivat olla tarpeen. Kaiken kaikkiaan kävely on käytännöllinen tapa tutustua kaupungin historialliseen viehätykseen ja lähellä oleviin palveluihin.

Pyöräily San Juan Capistranossa tarjoaa monia mahdollisuuksia, ja tietyillä alueilla on tarjolla infrastruktuuria, kuten jalkakäytäviä ja pyöräilyyn sopivia reittejä. Kaupungin kompaktin pohjaratkaisun ansiosta tärkeimpiin kohteisiin pääsee suhteellisen helposti pyörällä, vaikka jotkut reitit saattavat edellyttää navigointia vilkkaampia katuja pitkin. Leuto sää tukee yleensä mukavia pyöräilyolosuhteita ympäri vuoden. Erillisten pyöräkaistojen saatavuus voi kuitenkin vaihdella, joten matkustajien tulee suunnitella reitit huolellisesti turvallisuuden varmistamiseksi.

Joukkoliikenne San Juan Capistranossa tarjoaa vaihtoehtoja, jotka voivat olla hyödyllisiä alueella liikkumiseen. Metrolink-junaliikenne yhdistää kaupungin muihin Etelä-Kalifornian osiin, mikä tekee siitä kätevän vaihtoehdon alueelliseen matkustamiseen. Paikallisbussit ja -kuljetukset liikennöivät myös, tarjoten pääsyn tärkeisiin kohteisiin. Kaupungin kompaktia ja käveltävää rakennetta, erityisesti historiallisen alueen ympärillä, täydentää julkinen liikenne. Joillekin alueille pääseminen voi kuitenkin vaatia lisäsuunnittelua etäisyyksien tai rajoitettujen reittien vuoksi. Lauha sää tukee yleensä mukavaa matkustamista julkisilla liikennevälineillä ympäri vuoden.