San Juan Capistrano tilbyr et fotgjengervennlig miljø, spesielt i sentrum, hvor mange attraksjoner ligger i gangavstand. Det historiske området, inkludert misjonen og Los Rios Street, er kompakt og lett å utforske til fots, med fortau og fotgjengerfelt som gir trygg tilgang. Det milde sørkaliforniske været gjør det også behagelig å gå som transportalternativ. Områder utenfor sentrum kan imidlertid kreve andre transportmidler på grunn av lengre avstander. Alt i alt er det praktisk å oppdage byens historiske sjarm og nærliggende tilbud til fots.

Sykling i San Juan Capistrano byr på mange muligheter, og i enkelte områder er infrastruktur som fortau og sykkelvennlige ruter tilgjengelig. Byens kompakte planløsning gjør det relativt enkelt å nå viktige destinasjoner på sykkel, men noen ruter kan kreve å navigere i travlere gater. Det milde været gir generelt komfortable sykkelforhold hele året. Tilgjengeligheten av sykkelfelt kan imidlertid variere, så passasjerer bør planlegge rutene nøye for å ivareta sikkerheten.

Kollektivtransporten i San Juan Capistrano tilbyr alternativer som kan være nyttige for å komme seg rundt i området. Metrolink-toget forbinder byen med andre deler av Sør-California, noe som gjør det til et praktisk valg for reiser i regionen. Lokale busser og skyttelbusser kjører også, og gir tilgang til viktige reisemål. Byens kompakte og lett tilgjengelige sentrum, spesielt rundt det historiske distriktet, gjør det enkelt å bruke kollektivtransport. Noen områder kan imidlertid kreve ekstra planlegging på grunn av avstand eller begrensede ruter. Det milde været bidrar vanligvis til behagelige reiser med kollektivtransport gjennom hele året.