San Juan Capistrano tilbyr et fotgjengervennlig miljø, spesielt i sentrum, hvor mange attraksjoner ligger i gangavstand. Det historiske distriktet, med Mission Street og Los Rios Street, er kompakt og lett fremkommelig til fots, med fortau og fotgjengerfelt for trygg adkomst. Det milde været i Sør-California supplerer også gange som et transportalternativ. Områder utenfor det sentrale distriktet kan imidlertid kreve alternativ transport på grunn av større avstander. Generelt sett er fotturer en praktisk måte å utforske byens historiske sjarm og nærliggende fasiliteter.

Sykling i San Juan Capistrano byr på mange muligheter, og i enkelte områder er infrastruktur som fortau og sykkelvennlige ruter tilgjengelig. Byens kompakte planløsning gjør det relativt enkelt å nå viktige destinasjoner på sykkel, men noen ruter kan kreve å navigere i travlere gater. Det milde været gir generelt komfortable sykkelforhold hele året. Tilgjengeligheten av sykkelfelt kan imidlertid variere, så passasjerer bør planlegge rutene nøye for å ivareta sikkerheten.

Public transportation in San Juan Capistrano includes options that can be useful for navigating the area. The Metrolink train service connects the city to other parts of Southern California, making it a convenient choice for regional travel. Local bus services and shuttles also operate, providing access to key destinations. The town’s compact and walkable layout, especially around the historic district, complements public transit. However, some areas may require additional planning due to distance or limited routes. The mild weather generally supports comfortable travel by public transit throughout the year.