L'aéroport propose des zones piétonnières, en particulier dans son centre-ville et ses quartiers résidentielles, où les trottoirs et les équipements adaptés aux piétons sont bien entretenus. Le plan réduit de la ville dans certaines zones fait de la marche un moyen pratique d'accéder aux boutiques, aux restaurants et aux services locaux. Cependant, certaines parties de l'aéroport présentent un terrain vallonné, ce qui peut poser problème pour les longues marches. Le temps clément pendant une bonne partie de l'année est généralement propice à la marche, mais les distances entre les quartiers et certaines destinations peuvent nécessiter d'autres solutions de transport pour plus de facilité.

Se déplacer à vélo à San Rafael présente à la fois des atouts et des défis, grâce à des pistes cyclables et des voies partagées qui relient différents secteurs et rendent certaines destinations accessibles à vélo. Le pont Richmond-San Rafael comporte une piste cyclable, constituant un maillon essentiel pour les cyclistes. Cependant, le relief vallonné de la ville et certains secteurs où l’infrastructure cyclable est limitée peuvent représenter un défi pour certains cyclistes. Les conditions météorologiques sont généralement favorables pour faire du vélo, mais les distances entre les destinations peuvent varier, il est donc recommandé de planifier ses itinéraires à l’avance.

À San Rafael, les transports en commun offrent plusieurs options qui facilitent les déplacements dans la ville et ses environs. Le San Rafael Transit Center fait office de pôle clé, reliant les services de bus locaux et régionaux, le réseau ferroviaire et d'autres options de transport. Marin Transit assure des lignes de bus locales, tandis que Golden Gate Transit propose des liaisons régionales, notamment vers San Francisco et les comtés voisins. Le service ferroviaire SMART relie San Rafael au comté de Sonoma, offrant une alternative fiable à la voiture. Les transports en commun constituent un choix pratique pour de nombreuses destinations, même si le relief vallonné de la ville et son étendue peuvent influer sur les préférences pour certains itinéraires.

Un service de traversier situé dans la ville suivante : San Francisco, est un service de transport pratique et prenant en charge les voyageurs de la ville suivante : Larkscur, à proximité. Le trajet en ferry prend généralement environ 35 minutes, ce qui permet de se déplacer efficacement. Les ferries sont adaptées aux piétons, aux vélos et aux voitures, ce qui les rend accessibles aux besoins les plus divers. Les départs sont effectués régulièrement, mais leur fréquence dépend de l'heure et de la semaine. Bien que les ferries permettent de se rendre facilement à San Francisco, ils ne desservent pas nécessairement tous les quartiers de la ville, de ce fait, il peut être nécessaire de combiner le service de navette avec d'autres moyens de transport.