San Rafael'de, özellikle şehir merkezi ile konut mahallelerinde, kaldırımların ve yaya dostu altyapının iyi korunduğu yürünebilir alanlar bulunur. Kentin bazı bölgelerindeki kompakt yerleşim yapısı, mağaza, restoran ve yerel hizmetlere erişmek için yürümeyi elverişli bir yol haline getirir. Ancak San Rafael'in bazı kesimlerinde, daha uzun yürüyüşler için zorluk yaratabilecek tepelik arazi bulunur. Yılın büyük bölümündeki ılıman hava genel olarak yürümeye elverişlidir; ancak mahalleler ve bazı varış noktaları arasındaki mesafeler, kolaylık açısından alternatif ulaşım seçeneklerini gerektirebilir.

San Rafael'de bisiklet kullanımı, bisiklet şeritleri ve çok amaçlı yolların çeşitli bölgeleri birbirine bağlayıp bazı noktaları bisikletle erişilebilir hâle getirmesi sayesinde hem fırsatlar hem de zorluklar içerir. Richmond-San Rafael Köprüsü'nde bir bisiklet yolu bulunur; bu da bisikletliler için önemli bir bağlantı sağlar. Ancak şehrin engebeli arazisi ve bisiklet altyapısının sınırlı olduğu bazı alanlar, kimi bisiklet kullanıcıları için zorluk yaratabilir. Hava koşulları genellikle bisiklet için elverişlidir, ancak varış noktaları arasındaki mesafeler değişebilir; bu nedenle güzergâhları önceden planlamak önerilir.

San Rafael'deki toplu taşıma, şehirde ve çevresinde ulaşımı kolaylaştıran çeşitli seçenekler sunar. San Rafael Transit Center, yerel ve bölgesel otobüs hizmetlerini, demiryolunu ve diğer ulaşım seçeneklerini birbirine bağlayan kilit bir merkez işlevi görür. Marin Transit yerel otobüs hatlarını işletir; Golden Gate Transit ise San Francisco ve yakın ilçelere uzanan hatlar da dahil olmak üzere bölgesel bağlantılar sunar. SMART demiryolu hizmeti, San Rafael'i Sonoma County ile bağlayarak araç kullanmaya güvenilir bir alternatif sağlar. Kentin engebeli arazisi ve geniş alana yayılmış yerleşim düzeni bazı güzergahlara yönelik tercihleri etkileyebilse de toplu taşıma birçok varış noktası için pratik bir seçenektir.

San Rafael yakınlarında, yakınlardaki Larkspur’dan San Francisco’ya feribot seferleri düzenlenerek pratik ve manzaralı bir ulaşım seçeneği sunulur. Feribot yolculuğu genellikle yaklaşık 35 dakika sürer, bu da verimli bir yolculuk sağlar. Yayalara, bisikletlere ve araçlara uygun feribotlar çeşitli ihtiyaçlar için erişilebilir durumdadır. Belirli sıklıkta yolculuklar günün ve haftanın saatine göre değişmekle birlikte düzenli olarak planlanır. Feribotlar San Francisco’ya rahat bir bağlantı sağlasa da doğrudan San Rafael’deki tüm bölgelere hizmet vermeyebilir. Bu nedenle feribot yolculuklarını diğer ulaşım türleriyle birleştirmek gerekli olabilir.