San Rafael cuenta con zonas donde es fácil caminar, especialmente en el centro y en los barrios residenciales, donde las banquetas y la infraestructura para peatones están bien mantenidas. El diseño compacto de la ciudad en ciertas áreas hace que caminar sea una forma conveniente de llegar a tiendas, restaurantes y servicios locales. Sin embargo, algunas partes de San Rafael tienen terrenos inclinados, lo que puede dificultar los recorridos largos a pie. El clima templado durante gran parte del año generalmente favorece las caminatas, aunque las distancias entre barrios y algunos destinos pueden requerir opciones de transporte alternativo para mayor comodidad.

Andar en bicicleta en San Rafael presenta tanto oportunidades como desafíos, ya que existen ciclovías y senderos de uso múltiple que conectan varias zonas y hacen que algunos destinos sean accesibles en bicicleta. El puente Richmond-San Rafael cuenta con un carril para bicicletas, lo que proporciona un enlace importante para quienes se desplazan en bici. Sin embargo, el terreno montañoso de la ciudad y algunas áreas con infraestructura limitada para bicicletas pueden representar retos para algunas personas usuarias. Las condiciones climáticas suelen ser favorables para andar en bicicleta, pero las distancias entre destinos pueden variar, por lo que se recomienda planificar las rutas con anticipación.

El transporte público en San Rafael incluye varias opciones que facilitan moverse por la ciudad y sus alrededores. El Centro de Tránsito de San Rafael funciona como un punto clave, conectando servicios de autobuses locales y regionales, tren y otras alternativas de transporte. Marin Transit ofrece rutas de autobuses locales, mientras que Golden Gate Transit brinda conexiones regionales, incluidas rutas hacia San Francisco y condados cercanos. El servicio de tren SMART conecta San Rafael con el condado de Sonoma, ofreciendo una alternativa confiable al uso del automóvil. El transporte público es una opción práctica para muchos destinos, aunque el terreno montañoso y la distribución de la ciudad pueden influir en la preferencia por ciertas rutas.

El servicio de ferry cerca de San Rafael está disponible desde la cercana ciudad de Larkspur hasta San Francisco, lo que ofrece una opción de transporte práctica y pintoresca. El viaje en ferry suele demorar unos 35 minutos, por lo que es una manera eficiente de viajar. Los ferries son aptos para peatones, bicicletas y automóviles, lo que los hace accesibles para diversas necesidades. Los viajes se programan con regularidad, aunque las frecuencias específicas dependen de la hora del día y de la semana. Si bien los ferries brindan una conexión conveniente a San Francisco, es posible que no operen directamente en todas las áreas de San Rafael, por lo que puede ser necesario combinar el viaje en ferri con otros medios de transporte.