Die Innenstadt von Port Jefferson ist kompakt und lässt sich gut zu Fuß erkunden; sie bietet eine fußgängerfreundliche Umgebung. Das Ortsbild mit historischem Charme und der Nähe zum Uferbereich macht Spaziergänge zu einer angenehmen Möglichkeit, Geschäfte, Restaurants und kulturelle Attraktionen zu entdecken. Gehwege und Fußgängerüberwege sind gut instand gehalten und sorgen für sicheres Fortkommen zu Fuß. Obwohl das Gebiet insgesamt gut begehbar ist, kann das teils hügelige Gelände an manchen Stellen mäßige Anstrengung erfordern. Die Wetterbedingungen, typisch für den Nordosten der USA, können variieren; daher sind bequeme Schuhe zum Gehen und jahreszeitgerechte Kleidung für ein optimales Erlebnis empfehlenswert.

For those comfortable navigating mixed-use paths and local trails, biking is a practical way to get around Port Jefferson. The area features routes like the Setauket Greenway Trail, which offers a scenic and bike-friendly environment. Additionally, the North Shore “rails to trails” path connects Port Jefferson Station to Wading River, providing a longer biking option. While some bike infrastructure exists, riders should be mindful of traffic and road conditions in certain areas. The town’s compact layout and accessible trails make biking a reasonable choice for short to moderate distances.

Zu den öffentlichen Verkehrsmitteln in Port Jefferson zählen die Long Island Rail Road (LIRR) sowie die Busse von Suffolk County Transit. Die Port-Jefferson-Linie der LIRR verbindet die Gegend mit anderen Teilen von Long Island und ist damit eine praktische Wahl für längere Fahrten. Suffolk County Transit betreibt Buslinien, die lokale Ziele bedienen, allerdings erfordern Fahrpläne und Strecken mitunter etwas Planung. Die Infrastruktur der Stadt unterstützt diese Angebote, jedoch können die hügelige Topografie und die weitläufige Bebauung den Fußweg zu Haltestellen mancherorts weniger bequem machen. Je nach Ziel und Nähe zu Verkehrsknotenpunkten kann der öffentliche Nahverkehr eine sinnvolle Option sein.

Die Fähren sind eine bequeme Reiseoption von Port Jefferson und bieten ganzjährig Fahrten zwischen Port Jefferson, New York, und Bridgeport, Connecticut. Die Fähren nehmen Fußgänger, Autos und Fahrräder auf und sind dadurch vielseitig für verschiedene Reisebedürfnisse. Überfahrten finden in der Regel mehrmals täglich statt, wobei die Überfahrt etwa 1 Stunde und 15 Minuten dauert. Der Fährterminal ist zentral gelegen und bietet einfachen Zugang zu den umliegenden Sehenswürdigkeiten. Auch wenn sich die Wetterbedingungen gelegentlich auf die Fahrpläne auswirken können, unterstützt die Infrastruktur ein reibungsloses Boarding für alle Arten von Reisenden. Fähren sind besonders nützlich für all jene, die lange Fahrten vermeiden oder Ziele auf der anderen Seite des Wassers erreichen möchten.