Port Jeffersons sentrum er kompakt og lett å finne frem i til fots, og byr på et miljø som er vennlig for fotgjengere. Landsbyen har en historisk sjarm og nærhet til vannet, noe som gjør det hyggelig å utforske butikker, restauranter og kulturelle attraksjoner til fots. Fortau og fotgjengerfelt er godt vedlikeholdt og legger til rette for trygg ferdsel. Området er stort sett lett å gå i, men enkelte bakker kan kreve litt ekstra innsats noen steder. Værforholdene, som er typiske for det nordøstlige USA, kan variere, så det anbefales å bruke gode sko og klær tilpasset årstiden for best mulig opplevelse.

For those comfortable navigating mixed-use paths and local trails, biking is a practical way to get around Port Jefferson. The area features routes like the Setauket Greenway Trail, which offers a scenic and bike-friendly environment. Additionally, the North Shore “rails to trails” path connects Port Jefferson Station to Wading River, providing a longer biking option. While some bike infrastructure exists, riders should be mindful of traffic and road conditions in certain areas. The town’s compact layout and accessible trails make biking a reasonable choice for short to moderate distances.

Alternativene for kollektivtransport i Port Jefferson inkluderer bussene Long Island Rail Road (LIRR) og Suffolk County Transit. Port Jefferson Branch på LIRR forbinder området med andre deler av Long Island, noe som gjør det til et praktisk valg for lengre turer. Suffolk County Transit kjører bussruter som betjener lokale destinasjoner, men rutetider og ruter kan kreve planlegging. Byens infrastruktur støtter disse tjenestene, men den kuperte topografien og den spredte planløsningen kan gjøre det mindre praktisk å gå til stoppesteder i enkelte områder. Offentlig transport kan være et nyttig alternativ, avhengig av destinasjon og nærhet til transportknutepunktene.

Ferger er et praktisk reisealternativ fra Port Jefferson, som tilbyr helårsrute mellom Port Jefferson i New York og Bridgeport i Connecticut. Fergene har plass til fotgjengere, biler og sykler, noe som gjør dem allsidige for ulike reisebehov. Avganger pågår vanligvis flere ganger daglig, og overfarten tar omtrent 1 time og 15 minutter. Fergeterminalen har en sentral beliggenhet, noe som gir enkel tilgang til attraksjoner i nærheten. Værforhold kan av og til påvirke rutetidene, men infrastrukturen tilbyr problemfri ombordstigning for alle typer reisende. Ferger er spesielt nyttige for de som ønsker å unngå lange kjøreturer eller koble til destinasjoner på den andre siden av vannet.