San Juan Capistrano nabízí příjemné prostředí pro chodce, a to zejména v centru města, kde se dá dojít pěšky k mnoha atrakcím. Historická čtvrť, včetně Mission a Los Rios Street, je malá a snadno se v ní dá projít. Chodníky a přechody zajišťují bezpečný přístup. Mírné počasí na jihu Kalifornie navíc doplňuje možnost dopravy pěšky. Oblasti za centrálním obvodem ale můžou kvůli větší vzdálenosti vyžadovat alternativní dopravu. Celkově vzato je chůze praktický způsob, jak objevovat historické kouzlo města a okolní občanskou vybavenost.

V San Juan Capistrano se dá jezdit na kole. V některých oblastech je k dispozici určitá infrastruktura, jako jsou chodníky nebo trasy pro cyklisty. Díky kompaktnímu uspořádání se dá snadno dostat do klíčových cílů na kole, i když některé trasy můžou vyžadovat jízdu po rušnějších ulicích. Mírné počasí obvykle podporuje pohodovou jízdu na kole po celý rok. Dostupnost vyhrazených cyklopruhů se ale může lišit, takže by cestující měli trasy plánovat pečlivě, aby byli v bezpečí.

Public transportation in San Juan Capistrano includes options that can be useful for navigating the area. The Metrolink train service connects the city to other parts of Southern California, making it a convenient choice for regional travel. Local bus services and shuttles also operate, providing access to key destinations. The town’s compact and walkable layout, especially around the historic district, complements public transit. However, some areas may require additional planning due to distance or limited routes. The mild weather generally supports comfortable travel by public transit throughout the year.