Stony Brook’ta yürümek, özellikle üniversite çevresi ve yaya dostu bölgeler ile manzaralı çevreleriyle öne çıkan yakınlardaki Three Village bölgesi gibi bazı alanları keşfetmenin keyifli bir yolu olabilir. Ancak bölgenin banliyö yerleşimi, bazı noktaların birbirinden uzak olabildiği ve uzun yürüyüşlerin daha az pratik hale geldiği anlamına gelir. Bazı bölgelerdeki kaldırımlar ve kentsel tasarım iyileştirmeleri yaya erişimini desteklese de, genel altyapı her zaman yürümeyi birincil ulaşım biçimi olarak öncelemeyebilir. Soğuk kışlar ve nemli yazlar dahil mevsimsel hava koşullarındaki değişimler de yürüme konforunu etkileyebilir.

For those looking to bike in Stony Brook, it can be a practical way to get around, especially for shorter distances. The area features some bike-friendly infrastructure, including paths and bike racks, particularly around Stony Brook University. However, the ease of biking may vary depending on specific routes, as some areas may lack dedicated bike lanes. The region’s terrain is generally manageable for cyclists, but distances between destinations could be a consideration for some. Additionally, Stony Brook University offers a bike share program, which can be a convenient option for getting around campus and nearby areas.

Stony Brook'taki toplu taşıma seçenekleri arasında Long Island Railroad (LIRR) ve Suffolk County Transit otobüsleri yer alır. LIRR, yakın bölgelere ve New York City'ye bağlantılar sunarken, Suffolk County Transit otobüsleri Stony Brook Üniversitesi'ne erişim de dahil olmak üzere yerel hatlarda hizmet verir. Altyapı, belirlenmiş duraklar ve sefer saatleriyle bu hizmetleri destekler; ancak bölgenin dağınık yapısı, bazı noktalara otobüsle ulaşmayı daha az elverişli hale getirebilir. Hava koşulları zaman zaman sefer saatlerini etkileyebilir; bu nedenle sorunsuz bir yolculuk için önceden planlama önerilir.

Feribotlar, özellikle Connecticut'tan seyahat edenler için Stony Brook'a ulaşmak adına pratik bir ulaşım seçeneği sunar. Cross Sound Ferry, New London, Connecticut ile Orient Point, New York arasında yıl boyunca sefer düzenler ve seferlerde otomobiller, bisikletler ve yayalar taşınabilir. Yolculuk genellikle yaklaşık 80 dakika sürer. Orient Point'ten Stony Brook, batı yönünde yaklaşık 50 millik sürüş mesafesindedir. Feribotlar Long Island Sound'u geçmek için manzaralı ve etkili bir yol sunsa da, kasabanın kendisine doğrudan feribot hattı bulunmadığından Stony Brook içinde yerel ulaşım amacıyla kullanımları sınırlıdır.