Lopen in Stony Brook kan een prettige manier zijn om bepaalde gebieden te verkennen, vooral rond de universiteit en het nabijgelegen Three Village-gebied, waar voetgangersvriendelijke zones en een mooie omgeving te vinden zijn. Door de suburbane opzet van de regio liggen sommige bestemmingen echter verder uit elkaar, waardoor langere wandelingen minder praktisch zijn. In sommige delen zorgen verbeteringen aan trottoirs en de openbare ruimte voor betere toegang voor voetgangers, maar de algemene infrastructuur geeft niet altijd prioriteit aan lopen als belangrijkste vervoersmiddel. Seizoensgebonden weersomstandigheden, zoals koude winters en vochtige zomers, kunnen ook van invloed zijn op het comfort tijdens het wandelen.

For those looking to bike in Stony Brook, it can be a practical way to get around, especially for shorter distances. The area features some bike-friendly infrastructure, including paths and bike racks, particularly around Stony Brook University. However, the ease of biking may vary depending on specific routes, as some areas may lack dedicated bike lanes. The region’s terrain is generally manageable for cyclists, but distances between destinations could be a consideration for some. Additionally, Stony Brook University offers a bike share program, which can be a convenient option for getting around campus and nearby areas.

Openbaar vervoer in Stony Brook omvat de Long Island Railroad (LIRR) en de bussen van Suffolk County Transit. De LIRR biedt verbindingen met nabijgelegen gebieden en New York City, terwijl de bussen van Suffolk County Transit lokale routes bedienen, waaronder toegang tot Stony Brook University. De infrastructuur ondersteunt deze diensten met aangewezen haltes en dienstregelingen, al kan de uitgestrektheid van het gebied sommige bestemmingen minder gemakkelijk bereikbaar maken per bus. Weersomstandigheden kunnen soms invloed hebben op de dienstregelingen, dus vooruit plannen wordt aangeraden voor een soepele reis.

Veerboten bieden een praktische vervoersmogelijkheid om Stony Brook te bereiken, vooral voor reizigers uit Connecticut. De Cross Sound Ferry vaart het hele jaar door tussen New London, Connecticut, en Orient Point, New York, met afvaarten voor auto's, fietsen en voetgangers. De overtocht duurt doorgaans ongeveer 80 minuten. Vanaf Orient Point is het ongeveer 80 kilometer rijden naar het westen richting Stony Brook. Hoewel veerboten een mooie en efficiënte manier zijn om de Long Island Sound over te steken, is hun gebruik voor lokaal vervoer binnen Stony Brook beperkt vanwege het ontbreken van directe veerverbindingen met het stadje zelf.