הטופוגרפיה הייחודית של סן פרנסיסקו, המאופיינת בגבעות המפורסמות שלה, מציעה גם אתגרים וגם בונוסים למי שמסתכל על העיר ברגל. הליכה היא דרך שימושית לנווט בשכונות רבות, עם מדרכות ושבילים ידידותיים להולכי רגל המשפרים את הנגישות. הפריסה הקומפקטית של העיר מאפשרת גישה נוחה למספר אטרקציות, אם כי המדרונות התלולות באזורים מסוימים עשויות לדרוש מאמץ פיזי מסוים. האקלים הנוח בדרך כלל תומך בתנאי הליכה נוחים לאורך כל השנה, מה שהופך אותו לאפשרות נעימה להתנייד. עם זאת, השטח ההררי עשוי להיות פחות מושך לאלו שמעדיפים טיול מישור יותר.

רכיבה על אופניים בסן פרנסיסקו יכולה להיות דרך מעשית להתנייד, הודות לרשת הענפה של שבילי אופניים ושבילים. השטח ההררי של העיר עשוי להוות אתגר באזורים מסוימים, אבל מסלולים רבים נועדו להתאים לרוכבי אופניים. האקלים הנוח בדרך כלל מספק תנאים נוחים לרכיבה על אופניים לאורך כל השנה. בנוסף, זמינות אפשרויות לשיתוף אופניים שמאפשרות לשכור אופניים בקלות לנסיעות קצרות. באופן כללי, רכיבה על אופניים מציעה דרך גמישה וידידותית לסביבה לגלות את העיר, אם כי בחלק מהמסלולים ייתכן שיידרש מאמץ נוסף בגלל הגבעות.

העיר כוללת מערכת תחבורה ציבורית חזקה שכוללת אוטובוסים, רכבת קלה ועגלות, מה שהופך אותה לדרך נוחה לנווט בעיר. מערכת Muni, המשתרעת על פני שטח רחב, מדורגת היטב ומספקת גישה לשכונות ואטרקציות רבות. התשתית בעיר תומכת באפשרויות התחבורה האלו, אם כי באזורים מסוימים עשויים להיות עומסים. תחבורה ציבורית היא אפשרות שימושית להתנייד, במיוחד לבעלי רכבים אישיים, מאחר שהיא מתחברת ביעילות ליעדי מפתח ברחבי העיר.

מעבורות בסן פרנסיסקו מציעות דרך נוף ויעילה לנסוע ברחבי המפרץ. הם ידידותיים להולכי רגל, לאופניים ולרכב, מה שהופך אותם לנגישים לנוסעים שונים. מסלולים מרכזיים, כמו מסלולים מסן פרנסיסקו לסוסליטו או לטיבורון, אורכים בדרך כלל כ-30 דקות. המעבורות פועלות בתדירות גבוהה, עם מספר הפלגות לאורך היום, מה שמספק גמישות לנוסעים אל העבודה וממנה ולתיירים כאחד. התשתית תומכת בעלייה וירידה קלים למטוס, ומזג האוויר הנוח בדרך כלל מבטיח הפלגה חלקה. מעבורות הן אפשרות נהדרת להגיע ליעדים פופולריים וליהנות מנופים יפים של המפרץ.