В центре Сан-Рафаэля и в жилых районах много пешеходных зон, где тротуары и пешеходная дорожка содержатся в хорошем состоянии. Благодаря ограниченной планировке некоторых районов города вы можете дойти пешком до магазинов, ресторанов и сервисных центров. Однако некоторые районы Сан-Рафаэля имеют гористую форму, что может доставлять неудобства во время длительных пешком поездок. Мягкая погода в течение большей части года благоприятна для пешком

Велосипедные поездки в Сан-Рафаэле открывают как возможности, так и определённые сложности: велосипедные дорожки и многофункциональные маршруты соединяют разные районы города, делая некоторые места доступными для велосипедистов. На мосту Ричмонд–Сан-Рафаэль есть велосипедная дорожка, что обеспечивает важную связь для любителей велоспорта. Однако холмистый рельеф города и отдельные районы с недостаточно развитой велосипедной инфраструктурой могут создать трудности для некоторых пользователей. В целом погодные условия благоприятны для поездок на велосипеде, однако расстояния между пунктами назначения могут различаться, поэтому рекомендуется заранее планировать маршруты.

На общественном транспорте в Сан-Рафаэле можно перемещаться по городу и его районам. Транспортный центр Сан-Рафаэля — транспортный центр, объединяющий местные и пригородные автобусные и железнодорожные маршруты. Компания Marin Transit обслуживает местные автобусные маршруты, а компания Golden Gate Transit — региональные, в том числе в Сан-Франциско и близлежащие округа. Это надежная альтернатива поездкам с помощью железнодорожного сервиса SMART, который связывает Сан-Рафаэл с округом Сонома. Общественный транспорт удобен для поездок по многим направлениям, однако предпочтения в отношении некоторых маршрутов могут возникать из-за складчатой протяженности маршрута и складок в горах.

Из близлежащего района Ларкспер в Сан-Франциско отправляется паром. Это удобный вариант поездки по городу, прогулка по которому живописна. Поездка на пароме обычно занимает около 35 минут, поэтому вы экономите время. Паромы подходят для пешеходов, велосипедистов и автомобилей, что позволяет использовать их для самых разных потребностей. Отправления запланированы на регулярной основе, однако конкретная периодичность зависит от времени суток и недели. Добраться до Сан-Франциско на пароме очень удобно, однако они могут обслуживать не все районы Сан-Рафаэля. В таком случае может потребоваться совместная поездка на пароме с другими видами транспорта.