San Rafael apresenta zonas pedonais, especialmente no centro e em bairros residenciais, onde os passeios e a infraestrutura para peões estão bem conservados. O traçado compacto da cidade em algumas áreas torna a caminhada uma forma prática de aceder a lojas, restaurantes e serviços locais. No entanto, algumas partes de San Rafael têm terrenos inclinados, o que pode dificultar caminhadas mais longas. O clima ameno durante grande parte do ano é geralmente favorável para caminhar, embora as distâncias entre bairros e determinados destinos possam exigir opções alternativas de transporte para maior comodidade.

Andar de bicicleta em San Rafael apresenta tanto oportunidades como desafios, com ciclovias e percursos partilhados a ligar várias zonas e a tornar alguns destinos acessíveis de bicicleta. A Ponte Richmond-San Rafael inclui uma via para bicicletas, proporcionando uma ligação importante para os ciclistas. No entanto, o relevo acidentado da cidade e algumas zonas com infraestrutura limitada para bicicletas podem representar desafios para alguns utilizadores. As condições meteorológicas são geralmente favoráveis à utilização da bicicleta, mas as distâncias entre destinos podem variar, pelo que se recomenda o planeamento prévio dos percursos.

O transporte público em San Rafael inclui várias opções que facilitam a deslocação pela cidade e áreas circundantes. O Centro de Transportes de San Rafael funciona como um ponto central, ligando serviços de autocarros locais e regionais, comboios e outras opções de transporte. A Marin Transit disponibiliza percursos de autocarro locais, enquanto a Golden Gate Transit oferece ligações regionais, incluindo rotas para São Francisco e condados próximos. O serviço ferroviário SMART liga San Rafael ao Condado de Sonoma, proporcionando uma alternativa fiável à condução. O transporte público é uma escolha prática para muitos destinos, embora o relevo acidentado e a disposição dispersa da cidade possam influenciar as preferências por determinadas rotas.

Está disponível um serviço de ferry perto de San Rafa, a partir de Larkspur, nas proximidades, para São Francisco, oferecendo uma opção de transporte prática e cênica. A viagem de ferry demora, normalmente, cerca de 35 minutos, sendo uma forma eficiente de viajar. Os ferry são adequados para peões, bicicletas e automóveis, tornando-os acessíveis para várias necessidades. As viagens são agendadas regularmente, no entanto, as frequências específicas dependem da hora do dia e da semana. Embora os ferry forneçam uma ligação conveniente para São Francisco, poderão não servir diretamente todas as áreas dentro de São Francisco, por isso, poderá ser necessário combinar a viagem de ferry com outros modos de transporte.