San Rafael bietet fußgängerfreundliche Bereiche, insbesondere in der Innenstadt und in Wohnvierteln, wo Gehwege und eine fußgängerfreundliche Infrastruktur gut gepflegt sind. Die kompakte Struktur der Stadt in bestimmten Gegenden macht es bequem, Geschäfte, Restaurants und örtliche Dienstleistungen zu Fuß zu erreichen. In einigen Teilen von San Rafael ist das Gelände jedoch hügelig, was längere Spaziergänge erschweren kann. Das milde Wetter über einen Großteil des Jahres ist im Allgemeinen gut zum Spazierengehen geeignet, allerdings können die Entfernungen zwischen Vierteln und bestimmten Zielen aus Bequemlichkeitsgründen alternative Verkehrsmittel erforderlich machen.

Radfahren in San Rafael bietet sowohl Chancen als auch Herausforderungen: Radwege und gemeinsam genutzte Wege verbinden verschiedene Bereiche und machen einige Ziele mit dem Fahrrad erreichbar. Die Richmond–San-Rafael-Brücke umfasst einen Radweg und stellt eine wichtige Verbindung für Radfahrende dar. Allerdings können das hügelige Gelände der Stadt und bestimmte Gegenden mit begrenzter Fahrradinfrastruktur für einige Radfahrende eine Herausforderung darstellen. Die Wetterbedingungen sind im Allgemeinen günstig fürs Radfahren, doch die Entfernungen zwischen den Zielen können variieren, daher empfiehlt es sich, Routen im Voraus zu planen.

Der öffentliche Nahverkehr in San Rafael umfasst mehrere Optionen, die das Fortbewegen in der Stadt und den umliegenden Gebieten erleichtern. Das San Rafael Transit Center dient als wichtiger Knotenpunkt und verbindet lokale und regionale Busdienste, den Schienenverkehr sowie weitere Verkehrsangebote. Marin Transit betreibt lokale Buslinien, während Golden Gate Transit regionale Verbindungen anbietet, darunter Strecken nach San Francisco und in nahe gelegene Counties. Der SMART-Zugdienst verbindet San Rafael mit dem Sonoma County und bietet eine verlässliche Alternative zum Autofahren. Für viele Ziele ist der öffentliche Nahverkehr eine praktische Wahl, auch wenn die hügelige Topografie der Stadt und ihre weitläufige Struktur die Vorlieben für bestimmte Routen beeinflussen können.

Vom nahegelegenen Larkspur nach San Francisco gibt es Fährservices in der Nähe von San Rafe, die eine praktische und malerische Transportmöglichkeit bieten. Die Fahrt mit der Fähr dauert in der Regel etwa 35 Minuten und ist eine effiziente Art zu reisen. Ferries sind fußgänger-, fahrrad- und autofreundlich und somit für verschiedene Bedürfnisse zugänglich. Überfahrten werden regelmäßig geplant, die Häufigkeit hängt jedoch von der Tageszeit und der Woche ab. Obwohl die Fähren eine bequeme Verbindung nach San Francisco bieten, bedienen sie möglicherweise nicht alle Gebiete innerhalb von San Francisco. Daher könnte es notwendig sein, Fährfahrten mit anderen Transportmitteln zu kombinieren.