San Rafael tem áreas pedestres, especialmente o centro da cidade e os bairros residenciais, onde as calçadas e a infraestrutura para pedestres são mantidas em bom estado. O layout compacto da cidade em algumas regiões torna a caminhada uma forma conveniente de acessar lojas, restaurantes e serviços locais. No entanto, algumas partes de San Rafael têm decréscimos altos, o que pode dificultar as caminhadas mais longas. O clima agradável durante grande parte do ano é favorável à mobilidade, mas as distâncias entre as regiões e certos destinos podem exigir opções de transporte alternativas.

Andar de bicicleta em San Rafael apresenta tanto oportunidades quanto desafios, com ciclovias e caminhos de uso misto conectando várias áreas e tornando alguns destinos acessíveis de bicicleta. A Ponte Richmond-San Rafael conta com uma ciclovia, oferecendo uma ligação importante para ciclistas. No entanto, o relevo acidentado da cidade e algumas regiões com infraestrutura limitada para bicicletas podem representar desafios para alguns usuários. As condições climáticas geralmente são favoráveis para pedalar, mas as distâncias entre os destinos podem variar, por isso é recomendável planejar os trajetos com antecedência.

O transporte público em San Rafael inclui várias opções que facilitam a locomoção pela cidade e regiões próximas. O San Rafael Transit Center funciona como um importante ponto de conexão, integrando serviços de ônibus locais e regionais, trem e outras alternativas de transporte. A Marin Transit opera linhas de ônibus locais, enquanto a Golden Gate Transit oferece conexões regionais, incluindo rotas para San Francisco e outros condados próximos. O serviço ferroviário SMART liga San Rafael ao Condado de Sonoma, proporcionando uma alternativa confiável ao uso do carro. O transporte público é uma escolha prática para muitos destinos, embora o relevo acidentado e o formato espalhado da cidade possam influenciar a preferência por determinadas rotas.

O serviço de balsa perto de San Rafael está disponível entre Larkspur e San Francisco, oferecendo uma opção de transporte prática e tranquila. A viagem de balsa geralmente leva cerca de 35 minutos, o que é uma forma eficiente de viajar. As balsas são adequadas para pedestres, bicicletas e carros, o que as torna acessíveis para várias necessidades. As viagens são agendadas regularmente, embora as frequências específicas dependem do horário do dia e da semana. Embora as balsas ofereçam uma conexão conveniente com São Francisco, elas podem não servir diretamente todas as áreas dentro de São Rafael, por isso, pode ser necessário combinar as viagens de balsa com outros meios de transporte.