San Rafael oferuje tereny sprzyjające spacerom, zwłaszcza w centrum miasta i dzielnicach mieszkalnych, gdzie chodniki oraz infrastruktura przyjazna pieszym są dobrze utrzymane. Zwarta zabudowa w niektórych częściach miasta sprawia, że piesze przemieszczanie się do sklepów, restauracji i lokalnych usług jest wygodne. Jednak w niektórych rejonach San Rafael występuje pagórkowate ukształtowanie terenu, co może stanowić wyzwanie podczas dłuższych spacerów. Łagodna pogoda przez większą część roku sprzyja spacerom, choć odległości między dzielnicami i niektórymi miejscami docelowymi mogą wymagać skorzystania z alternatywnych środków transportu dla większej wygody.

Jazda na rowerze w San Rafael to zarówno szanse, jak i wyzwania — ścieżki rowerowe oraz trasy wielofunkcyjne łączą różne części miasta, umożliwiając dotarcie do niektórych miejsc rowerem. Most Richmond-San Rafael posiada ścieżkę rowerową, stanowiąc ważne połączenie dla rowerzystów. Jednak pagórkowate ukształtowanie terenu oraz niektóre obszary z ograniczoną infrastrukturą rowerową mogą być wyzwaniem dla części osób. Warunki pogodowe są zazwyczaj sprzyjające rowerzystom, ale odległości między miejscami docelowymi mogą się różnić, dlatego zaleca się wcześniejsze planowanie tras.

Transport publiczny w San Rafael obejmuje kilka opcji, które ułatwiają przemieszczanie się po mieście i okolicach. Centrum Transportu Publicznego w San Rafael pełni rolę głównego węzła, łącząc lokalne i regionalne linie autobusowe, kolej oraz inne środki transportu publicznego. Marin Transit obsługuje lokalne trasy autobusowe, natomiast Golden Gate Transit zapewnia połączenia regionalne, w tym trasy do San Francisco i sąsiednich hrabstw. Kolej SMART łączy San Rafael z hrabstwem Sonoma, oferując niezawodną alternatywę dla jazdy samochodem. Transport publiczny to praktyczny wybór dla wielu kierunków, choć pagórkowate ukształtowanie terenu i rozległy układ miasta mogą wpływać na preferencje dotyczące niektórych tras.

W pobliżu San Rafael dostępne są promy z pobliskiego Larkspur do San Francisco, co stanowi praktyczną i malowniczą opcję transportu. Przejazd promem trwa zwykle około 35 minut, co jest wygodnym sposobem podróżowania. Promy są przyjazne dla pieszych, rowerzystów i samochodów, dzięki czemu są dostępne dla różnych potrzeb. Przeprawy są regularnie zaplanowane, ale ich częstotliwość zależy od pory dnia i tygodnia. Chociaż promy zapewniają dogodne połączenie z San Francisco, mogą nie obsługiwać bezpośrednio wszystkich obszarów w San Rafael, dlatego może być konieczne połączenie podróży promem z innymi środkami transportu.