San Rafael heeft wandelvriendelijke gebieden, vooral in het centrum en de woonwijken, waar trottoirs en voetgangersvoorzieningen goed onderhouden zijn. De compacte indeling van de stad in bepaalde delen maakt het gemakkelijk om te voet winkels, restaurants en lokale diensten te bereiken. In sommige delen van San Rafael is het terrein echter heuvelachtig, wat langere wandelingen uitdagender kan maken. Het milde klimaat gedurende een groot deel van het jaar is over het algemeen gunstig voor wandelen, al kunnen de afstanden tussen wijken en bepaalde bestemmingen het soms handiger maken om voor andere vervoersopties te kiezen.

Fietsen in San Rafael biedt zowel kansen als uitdagingen, met fietspaden en multifunctionele routes die verschillende gebieden verbinden en sommige bestemmingen per fiets bereikbaar maken. De Richmond-San Rafaelbrug heeft een fietspad, wat een belangrijke verbinding vormt voor fietsers. Het heuvelachtige terrein van de stad en bepaalde gebieden met beperkte fietsinfrastructuur kunnen echter voor sommige fietsers een uitdaging zijn. De weersomstandigheden zijn over het algemeen gunstig om te fietsen, maar de afstanden tussen bestemmingen kunnen variëren, dus het is aan te raden om routes van tevoren te plannen.

Het openbaar vervoer in San Rafael biedt verschillende mogelijkheden die het gemakkelijk maken om je binnen de stad en naar omliggende gebieden te verplaatsen. Het San Rafael Transit Center fungeert als belangrijk knooppunt en verbindt lokale en regionale busdiensten, spoor en andere vervoersopties. Marin Transit verzorgt lokale buslijnen, terwijl Golden Gate Transit regionale verbindingen biedt, waaronder routes naar San Francisco en nabijgelegen counties. De SMART-spoordienst verbindt San Rafael met Sonoma County en biedt een betrouwbaar alternatief voor autorijden. Openbaar vervoer is voor veel bestemmingen een praktische keuze, al kunnen het heuvelachtige landschap en de uitgestrekte opzet van de stad invloed hebben op de voorkeur voor bepaalde routes.

Een veerdienst in de buurt van San Rafael is beschikbaar vanaf het nabijgelegen Larkspur naar San Francisco en biedt een praktische en mooie vervoersoptie. De rit met de veerboot duurt meestal ongeveer 35 minuten en is een efficiënte manier van reizen. Veerboten zijn toegankelijk voor voetgangers, fietsers en auto's, waardoor ze voor verschillende doeleinden toegankelijk zijn. Afvaarten zijn regelmatig gepland, maar specifieke frequenties zijn afhankelijk van het tijdstip van de dag en de week. Veerboten bieden een handige verbinding naar San Francisco, maar ze bedienen misschien niet alle gebieden in San Rafael. Het kan dus nodig zijn om de veerboot te combineren met andere vervoerswijzen.