San Rafael har områder som er tilrettelagt for gående, spesielt i sentrum og i boligområdene, hvor fortau og infrastruktur for fotgjengere er godt vedlikeholdt. Byens kompakte utforming i enkelte områder gjør det enkelt å gå til butikker, restauranter og lokale tjenester. Noen deler av San Rafael har imidlertid kupert terreng, noe som kan gjøre lengre gåturer mer utfordrende. Det milde været store deler av året er som regel gunstig for å gå, men avstanden mellom nabolag og enkelte reisemål kan gjøre det praktisk å velge andre transportalternativer.

Å sykle i San Rafael byr på både muligheter og utfordringer, med sykkelfelt og flerbruksstier som forbinder ulike områder og gjør noen destinasjoner tilgjengelige med sykkel. Richmond–San Rafael-broen har en sykkelvei, noe som gir en viktig forbindelse for syklister. Byens kuperte terreng og enkelte områder med begrenset sykkelinfrastruktur kan imidlertid være utfordrende for noen. Værforholdene er stort sett gunstige for sykling, men avstanden mellom destinasjonene kan variere, så det anbefales å planlegge ruten på forhånd.

Kollektivtransporten i San Rafael omfatter flere alternativer som gjør det enkelt å komme seg rundt i byen og nærliggende områder. San Rafael Transit Center fungerer som et sentralt knutepunkt og forbinder lokale og regionale busstjenester, tog og andre transportmuligheter. Marin Transit tilbyr lokale bussruter, mens Golden Gate Transit gir regionale forbindelser, inkludert ruter til San Francisco og nærliggende fylker. SMART-toget kobler San Rafael til Sonoma County og gir et pålitelig alternativ til å kjøre bil. Kollektivtransport er et praktisk valg til mange reisemål, selv om byens kuperte terreng og spredte utforming kan påvirke hvilke ruter man foretrekker.

Fergeforbindelser nær San Rafael er tilgjengelige fra nærliggende Larkspur til San Francisco, og tilbyr et praktisk og naturskjønt transportalternativ. Fergeturen tar vanligvis rundt 35 minutter, noe som gir en effektiv måte å reise på. Ferger er fotgjenger-, sykkel- og bilvennlige, noe som gjør dem tilgjengelige for ulike behov. Avganger er fast planlagt, men spesifikke hyppigheter avhenger av tidspunktet på døgnet og uken. Selv om ferger gir praktiske forbindelser til San Francisco, er det ikke sikkert at de kjører direkte til alle områdene i San Rafael, så det kan være nødvendig å kombinere fergeturer med andre transportmidler.