Το San Rafael διαθέτει περιοχές κατάλληλες για περπάτημα, ιδιαίτερα στο κέντρο και στις οικιστικές του γειτονιές, όπου τα πεζοδρόμια και οι υποδομές για πεζούς είναι καλά συντηρημένα. Η συμπαγής διαρρύθμιση της πόλης σε ορισμένες περιοχές καθιστά το περπάτημα έναν εύκολο τρόπο πρόσβασης σε καταστήματα, εστιατόρια και τοπικές υπηρεσίες. Ωστόσο, σε κάποια σημεία του San Rafael υπάρχουν ανηφορικά εδάφη, τα οποία μπορεί να δυσκολέψουν τις μεγαλύτερες διαδρομές με τα πόδια. Ο ήπιος καιρός κατά το μεγαλύτερο μέρος του έτους είναι γενικά ευνοϊκός για περπάτημα, αν και οι αποστάσεις μεταξύ γειτονιών και ορισμένων προορισμών ενδέχεται να απαιτούν εναλλακτικές επιλογές μετακίνησης για μεγαλύτερη ευκολία.

Η ποδηλασία στο Σαν Ραφαέλ προσφέρει τόσο ευκαιρίες όσο και προκλήσεις, με ποδηλατοδρόμους και διαδρομές πολλαπλών χρήσεων να συνδέουν διάφορες περιοχές και να καθιστούν ορισμένους προορισμούς προσβάσιμους με ποδήλατο. Η γέφυρα Ρίτσμοντ-Σαν Ραφαέλ διαθέτει ποδηλατόδρομο, προσφέροντας έναν σημαντικό σύνδεσμο για τους ποδηλάτες. Ωστόσο, το ανώμαλο έδαφος της πόλης και ορισμένες περιοχές με περιορισμένες υποδομές για ποδήλατα μπορεί να αποτελέσουν πρόκληση για κάποιους αναβάτες. Οι καιρικές συνθήκες είναι γενικά ευνοϊκές για ποδηλασία, αλλά οι αποστάσεις μεταξύ των προορισμών διαφέρουν, οπότε συνιστάται ο προγραμματισμός των διαδρομών εκ των προτέρων.

Η δημόσια συγκοινωνία στο Σαν Ραφαέλ περιλαμβάνει αρκετές επιλογές που διευκολύνουν τη μετακίνηση στην πόλη και τις γύρω περιοχές. Το Κέντρο Μεταφορών του Σαν Ραφαέλ λειτουργεί ως βασικός κόμβος, συνδέοντας τοπικές και περιφερειακές λεωφορειακές γραμμές, σιδηρόδρομο και άλλες επιλογές μετακίνησης. Η Marin Transit εξυπηρετεί τοπικές διαδρομές με λεωφορεία, ενώ η Golden Gate Transit προσφέρει περιφερειακές συνδέσεις, συμπεριλαμβανομένων διαδρομών προς το Σαν Φρανσίσκο και γειτονικές κομητείες. Η σιδηροδρομική υπηρεσία SMART συνδέει το Σαν Ραφαέλ με την κομητεία Sonoma, προσφέροντας μια αξιόπιστη εναλλακτική στη χρήση αυτοκινήτου. Η δημόσια συγκοινωνία αποτελεί πρακτική επιλογή για πολλούς προορισμούς, αν και το ορεινό ανάγλυφο και η εκτεταμένη διαρρύθμιση της πόλης ενδέχεται να επηρεάσουν τις προτιμήσεις για ορισμένες διαδρομές.

Κοντά στο San Rafael διατίθεται δρομολόγια από το κοντινό Larkspur προς το Σαν Φρανσίσκο, προσφέροντας μια πρακτική και γραφική επιλογή μετακίνησης. Η διαδρομή με το φέρι διαρκεί συνήθως περίπου 35 λεπτά, γεγονός που αποτελεί έναν αποτελεσματικό τρόπο μετακίνησης. Τα φέρι μποτ είναι φιλικά προς τους πεζούς, τα ποδήλατα και τα οχήματα, επομένως είναι προσβάσιμα για διάφορες ανάγκες. Οι διαδρομές προγραμματίζονται τακτικά, αν και η συγκεκριμένη συχνότητα εξαρτώνται από την ώρα της ημέρας και της εβδομάδας. Παρόλο που τα πλοία παρέχουν μια βολική σύνδεση με το Σαν Φρανσίσκο, ενδέχεται να μην εξυπηρετούν απευθείας όλες τις περιοχές του Σαν Ραφαέλ, επομένως μπορεί να είναι απαραίτητος ο συνδυασμός διαδρομών με φέρι με άλλους τρόπους μεταφοράς.