Oblasti San Rafaelu, kde se dá chodit pěšky, jsou hlavně v centru města a v obytných čtvrtích, kde jsou chodníky a infrastruktura vhodná pro chodce. Díky kompaktnímu uspořádání města se v některých oblastech snadno pěšky dostanete k obchodům, restauracím a místním službám. V některých částech San Rafaelu je ale kopcovitý terén, což může být při delších procházkách náročné. Mírné počasí po většinu roku je obecně příznivé pro pěší turistiku, i když vzdálenosti mezi čtvrtěmi a určitými cíli můžou vyžadovat alternativní možnosti dopravy.

Jízda na kole v San Rafaelu přináší jak příležitosti, tak i výzvy – cyklopruhy a stezky pro více účelů propojují různé části města a umožňují přístup k některým cílům na kole. Most Richmond-San Rafael zahrnuje cyklostezku, která představuje důležité spojení pro cyklisty. Kopcovitý terén města a některé oblasti s omezenou cyklistickou infrastrukturou však mohou být pro některé jezdce náročné. Počasí je obecně příznivé pro jízdu na kole, ale vzdálenosti mezi cíli se mohou lišit, proto se doporučuje plánovat trasy předem.

Veřejná doprava v San Rafaelu zahrnuje několik možností, které usnadňují pohyb po městě i okolních oblastech. San Rafael Transit Center slouží jako klíčový uzel, který propojuje místní a regionální autobusové linky, železnici a další dopravní možnosti. Marin Transit zajišťuje místní autobusové trasy, zatímco Golden Gate Transit nabízí regionální spojení, včetně linek do San Francisca a okolních okresů. Železniční služba SMART spojuje San Rafael s okresem Sonoma a představuje spolehlivou alternativu k jízdě autem. Veřejná doprava je praktickou volbou pro mnoho cílů, i když kopcovitý terén a rozlehlé uspořádání města mohou ovlivnit preference pro určité trasy.

Z nedalekého Larkspuru do San Francisca jezdí trajekty poblíž San Rafaelu, které nabízejí praktickou a malebnou dopravu. Jízda trajektem obvykle trvá asi 35 minut a jde o efektivní způsob cestování. Trajekty jsou vhodné pro chodce, cyklisty i auta, takže jsou dostupné pro různé potřeby. Jízdy jsou naplánované pravidelně, ale konkrétní frekvence závisí na denní době a týdnu. Trajekty poskytují pohodlné spojení do San Francisca, ale nemusí jezdit přímo do všech oblastí San Rafaelu, takže může být nutné kombinovat cestování trajektem s jinými druhy dopravy.