تتميز سان رافاييل بمناطق يمكن المشي فيها بسهولة، خاصة في وسط المدينة والأحياء السكنية، حيث يتم الحفاظ على الأرصفة والبنية التحتية الصديقة للمشاة بشكل جيد. ويجعل التصميم المدمج للمدينة في بعض المناطق المشي وسيلة مريحة للوصول إلى المتاجر والمطاعم والخدمات المحلية. ومع ذلك، فإن بعض أجزاء سان رافاييل تحتوي على تضاريس جبلية، مما قد يشكل تحدياً للمشي لمسافات طويلة. ويُعتبر الطقس المعتدل طوال معظم أيام السنة مناسباً للمشي بشكل عام، إلا أن المسافات بين الأحياء وبعض الوجهات قد تتطلب خيارات نقل بديلة للراحة.

ركوب الدراجات في سان رافاييل يوفر فرصًا وتحديات في آن واحد، حيث تربط مسارات الدراجات والممرات متعددة الاستخدامات بين مناطق مختلفة وتجعل بعض الوجهات متاحة بالدراجة. يشمل جسر ريتشموند-سان رافاييل مسارًا للدراجات، مما يوفر رابطًا مهمًا لراكبي الدراجات. ومع ذلك، قد يشكل التضاريس الجبلية للمدينة وبعض المناطق ذات البنية التحتية المحدودة للدراجات تحديات لبعض الركاب. عادةً ما تكون الأحوال الجوية مناسبة لركوب الدراجات، لكن المسافات بين الوجهات قد تختلف، لذا يُنصح بتخطيط المسارات مسبقًا.

تشمل وسائل النقل العام في سان رافاييل عدة خيارات تجعل التنقل داخل المدينة والمناطق المحيطة بها سهلاً ومتاحاً. يُعد مركز النقل في سان رافاييل محوراً رئيسياً، حيث يربط بين خدمات الحافلات المحلية والإقليمية، والقطار، وخيارات نقل أخرى. توفر "مارين ترانزيت" خطوط الحافلات المحلية، بينما تقدم "غولدن غيت ترانزيت" وصلات إقليمية، بما في ذلك خطوط إلى سان فرانسيسكو والمقاطعات المجاورة. يربط قطار "سمارت" سان رافاييل بمقاطعة سونوما، ويوفر بديلاً موثوقاً عن القيادة. وتُعد وسائل النقل العام خياراً عملياً للعديد من الوجهات، رغم أن التضاريس الجبلية للمدينة وامتدادها قد يؤثران على تفضيل بعض الخطوط.

تتوفر خدمة العبارات بالقرب من سان رافاييل من لاركسبور القريبة إلى سان فرانسيسكو ، مما يوفر خياراً عملياً للمواصلات ذات المناظر الخلابة. تستغرق الرحلة عادة حوالي 35 دقيقة ، مما يوفر وسيلة فعالة للتنقل. العبّارات مناسبة للمشاة والدراجات والسيارات ، مما يجعلها سهلة الوصول إليها لتلبية الاحتياجات المختلفة. يتم تحديد مواعيد الرحلات بانتظام ، على الرغم من أن ترددات محددة تعتمد على الوقت من اليوم والأسبوع. في حين توفر العبارات اتصالاً مريحاً بسان فرانسيسكو ، فإنها قد لا تخدم مباشرة جميع المناطق داخل سان رافاييل ، لذلك قد يكون من الضروري الجمع بين التنقل بالعبّارات وأنماط النقل الأخرى.