San Rafael har promenadvänliga områden, särskilt i stadskärnan och bostadskvarteren, där trottoarer och infrastruktur för fotgängare är väl underhållna. Stadens kompakta utformning på vissa platser gör det smidigt att ta sig till butiker, restauranger och lokala tjänster till fots. Vissa delar av San Rafael är dock kuperade, vilket kan göra längre promenader mer utmanande. Det milda klimatet under större delen av året är i allmänhet gynnsamt för promenader, även om avstånden mellan olika kvarter och vissa destinationer ibland kan göra att andra transportalternativ är mer bekväma.

Cykling i San Rafael innebär både möjligheter och utmaningar, med cykelbanor och flerfunktionsvägar som förbinder olika områden och gör vissa destinationer tillgängliga med cykel. Richmond-San Rafael-bron har en cykelväg som utgör en viktig länk för cyklister. Stadens kuperade terräng och vissa områden med begränsad cykelinfrastruktur kan dock innebära utmaningar för en del cyklister. Väderförhållandena är oftast gynnsamma för cykling, men avstånden mellan destinationer kan variera, så det är bra att planera sina rutter i förväg.

Kollektivtrafiken i San Rafael omfattar flera alternativ som gör det enkelt att ta sig runt i staden och de omkringliggande områdena. San Rafael Transit Center fungerar som en viktig knutpunkt och kopplar samman lokala och regionala busstjänster, tåg och andra transportalternativ. Marin Transit tillhandahåller lokala busslinjer, medan Golden Gate Transit erbjuder regionala förbindelser, inklusive rutter till San Francisco och närliggande län. SMART-tåget förbinder San Rafael med Sonoma County och erbjuder ett pålitligt alternativ till bilkörning. Kollektivtrafik är ett praktiskt val för många destinationer, även om stadens kuperade terräng och utspridda utformning kan påverka preferenserna för vissa rutter.

Färjelinjer i närheten av San Rafael finns tillgängliga från närliggande Larkspur till San Francisco, och erbjuder ett praktiskt och naturskönt transportalternativ. Färjeresan tar vanligtvis cirka 35 minuter, vilket är ett effektivt sätt att resa. Färjor är fotgängar-, cykel- och bilvänliga, vilket gör dem tillgängliga för olika behov. Avgångarna sker regelbundet, men de specifika frekvenserna beror på tidpunkt på dygnet och veckan. Färjor erbjuder bekväma förbindelser till San Francisco, men de trafikerar inte alla områden i San Rafael direkt, så det kan vara nödvändigt att kombinera resor med andra transportsätt.