San Rafael are zone accesibile pietonal, în special în centrul orașului și în cartierele rezidențiale, unde trotuarele și infrastructura pentru pietoni sunt bine întreținute. Dispunerea compactă a orașului în anumite zone face ca mersul pe jos să fie o modalitate comodă de a ajunge la magazine, restaurante și servicii locale. Totuși, unele părți din San Rafael au un relief deluros, ceea ce poate reprezenta o provocare pentru plimbările mai lungi. Vremea blândă pe parcursul majorității anului este, în general, favorabilă mersului pe jos, însă distanțele dintre cartiere și anumite destinații pot necesita opțiuni alternative de transport pentru un plus de confort.

Deplasarea cu bicicleta în San Rafael oferă atât oportunități, cât și provocări, cu piste pentru biciclete și trasee multi-utilizare care conectează diverse zone și fac unele destinații accesibile cu bicicleta. Podul Richmond-San Rafael include o pistă pentru biciclete, oferind o legătură importantă pentru cicliști. Totuși, relieful deluros al orașului și anumite zone cu infrastructură limitată pentru biciclete pot reprezenta dificultăți pentru unii bicicliști. Condițiile meteo sunt în general favorabile pentru mersul cu bicicleta, însă distanțele dintre destinații pot varia, așa că este recomandată planificarea traseelor în avans.

Transportul public în San Rafael include mai multe opțiuni care facilitează deplasarea prin oraș și în zonele învecinate. Centrul de transport San Rafael funcționează ca un nod principal, conectând serviciile locale și regionale de autobuz, tren și alte variante de transport. Marin Transit asigură rute locale de autobuz, în timp ce Golden Gate Transit oferă legături regionale, inclusiv trasee către San Francisco și județele apropiate. Serviciul feroviar SMART leagă San Rafael de comitatul Sonoma, oferind o alternativă fiabilă la condus. Transportul public reprezintă o alegere practică pentru multe destinații, deși relieful deluros al orașului și dispunerea răspândită pot influența preferințele pentru anumite rute.

În apropiere de San Rafael, este disponibil un serviciu de feriboturi între Larkspur și San Francisco, oferind o opțiune de transport practică și pitorească. De obicei, cursa cu feribotul durează aproximativ 35 de minute, fiind o modalitate eficientă de a călători. Feriboturile sunt accesibile pentru pietoni, biciclete și mașini, fiind accesibile pentru diverse nevoi. Traversele sunt programate regulat, deși anumite frecvențe depind de momentul zilei și de săptămână. Deși feribotul oferă o conexiune convenabilă către San Francisco, este posibil ca acestea să nu deservească direct toate zonele din San Rafael, așa că poate fi necesară combinarea călătoriilor cu alte moduri de transport.