National City offre un cadre propice aux déplacements à pied, avec des trottoirs accessibles et un réseau croissant d’infrastructures favorables aux piétons. De nombreux secteurs sont compacts et se parcourent aisément à pied, ce qui facilite l’accès aux destinations de proximité. Le climat généralement doux de la ville renforce encore l’attrait de la marche, une option confortable tout au long de l’année. Cependant, certains secteurs peuvent nécessiter une attention particulière pour traverser des rues très fréquentées ou évoluer dans des zones moins adaptées aux piétons. Dans l’ensemble, la marche constitue un moyen pratique d’explorer et de se déplacer, surtout pour de courtes distances ou dans les parties centrales de la ville.

À National City, le vélo bénéficie d'une mise en place à l'aéroport, avec des pistes cyclables et des voies réservées, ce qui en fait un moyen pratique de se déplacer dans certaines zones. Le plan relatif de la ville permet de se rendre plus facilement à destination à vélo, en particulier pour les trajets courts. Cependant, les cyclistes doivent tenir compte des conditions de circulation et planifier leurs itinéraires avec soin pour assurer leur sécurité. Le temps clément de la région permet généralement de profiter de conditions de vélo confortables tout au long de l'année.

Les transports en commun à National City sont facilités par leur intégration au réseau plus vaste du San Diego Metropolitan Transit System. La ville est desservie par des bus et un réseau de tramway, la station 8th Street Trolley constituant un pôle majeur. Ces options permettent d'accéder aux zones voisines, notamment au centre-ville de San Diego et à la frontière mexicaine. L'infrastructure facilite les déplacements vers de nombreuses destinations, même si la facilité d'utilisation peut dépendre de la proximité des arrêts de transports en commun. L'infrastructure de la région et les horaires des transports en commun font des transports en commun un choix fiable pour de nombreux voyageurs.