San Rafael cuenta con zonas transitables a pie, especialmente en su centro y en los barrios residenciales, donde las aceras y la infraestructura para peatones están bien cuidadas. El diseño compacto de la ciudad en determinadas áreas hace que caminar sea una forma cómoda de acceder a tiendas, restaurantes y servicios locales. Sin embargo, algunas partes de San Rafael presentan terrenos con pendientes, lo que puede suponer un reto para paseos más largos. El clima templado durante gran parte del año suele ser favorable para caminar, aunque las distancias entre barrios y ciertos destinos pueden requerir opciones de transporte alternativas para mayor comodidad.

Ir en bicicleta por San Rafael ofrece tanto oportunidades como desafíos, ya que los carriles bici y los caminos de uso compartido conectan varias zonas y hacen que algunos destinos sean accesibles en bicicleta. El puente Richmond-San Rafael cuenta con un carril bici, lo que supone un enlace importante para las personas que se desplazan en bicicleta. Sin embargo, el terreno montañoso de la ciudad y algunas zonas con infraestructura ciclista limitada pueden suponer un reto para ciertos usuarios. Las condiciones meteorológicas suelen ser favorables para ir en bicicleta, pero las distancias entre destinos pueden variar, por lo que se recomienda planificar las rutas con antelación.

El transporte público en San Rafael incluye varias opciones que facilitan desplazarse por la ciudad y las áreas cercanas. El Centro de Tránsito de San Rafael funciona como un punto clave, conectando servicios de autobuses locales y regionales, tren y otras alternativas de transporte. Marin Transit ofrece rutas de autobús locales, mientras que Golden Gate Transit proporciona conexiones regionales, incluidas rutas hacia San Francisco y los condados cercanos. El servicio ferroviario SMART conecta San Rafael con el condado de Sonoma, ofreciendo una alternativa fiable al uso del coche. El transporte público es una opción práctica para muchos destinos, aunque el terreno montañoso y la distribución dispersa de la ciudad pueden influir en las preferencias por ciertas rutas.

El servicio de ferry cerca de San Rafael está disponible desde la cercana Larkspur a San Francisco, lo que ofrece una opción de transporte práctica y pintoresca. El viaje en ferry suele durar unos 35 minutos, por lo que es una forma eficiente de viajar. Los ferries son aptos para peatones, bicicletas y vehículos, por lo que son accesibles para diversas necesidades. Los viajes se programan con regularidad, aunque las frecuencias específicas dependen de la hora del día y de la semana. Aunque los ferries ofrecen una buena conexión con San Francisco, es posible que no lleguen directamente a todas las zonas de San Rafael, por lo que puede ser necesario combinar los viajes en ferri con otros medios de transporte.