În San Rafael există zone pentru pietoni, în special în centrul orașului și în cartierele rezidențiale, unde trotuarele și infrastructura accesibilă pentru pietoni sunt bine întreținute. Anumite zone ale orașului fac ca mersul pe jos să fie un mod convenabil de a accesa magazinele, restaurantele și serviciile locale. Cu toate acestea, unele părți ale orașului San Rafael prezintă un teren deluros, ceea ce poate reprezenta probleme în cazul plimbărilor mai lungi. Vremea blândă din cea mai mare parte a anului este, în general, propice pentru mers pe jos, deși distanțele dintre cartiere și anumite destinații pot necesita opțiuni de transport alternative, pentru confort.

Ciclismul în San Rafael prezintă atât oportunități, cât și provocări, pistele pentru biciclete și potecile cu destinații multiple care conectează diverse zone și fac unele destinații accesibile cu bicicleta. Podul Richmond-San Rafael include o pistă pentru biciclete, asigurând o legătură importantă pentru bicicliști. Cu toate acestea, terenul deluros al orașului și anumite zone cu infrastructură limitată pentru biciclete pot reprezenta provocări pentru unii pasageri. Condițiile meteo sunt, în general, favorabile pentru a merge cu bicicleta, dar distanțele dintre destinații pot varia, așa că este recomandat să planifici traseele în avans.

Public transit in San Rafael includes several options that make getting around the city and surrounding areas accessible. The San Rafael Transit Center serves as a key hub, connecting local and regional bus services, rail, and other transit options. Marin Transit provides local bus routes, while Golden Gate Transit offers regional connections, including routes to San Francisco and nearby counties. The SMART rail service connects San Rafael with Sonoma County, offering a reliable alternative to driving. Public transit is a practical choice for many destinations, though the city’s hilly terrain and spread-out layout may influence preferences for certain routes.

În apropiere de San Rafael, este disponibil un serviciu de feriboturi între Larkspur și San Francisco, oferind o opțiune de transport practică și pitorească. De obicei, cursa cu feribotul durează aproximativ 35 de minute, fiind o modalitate eficientă de a călători. Feriboturile sunt accesibile pentru pietoni, biciclete și mașini, fiind accesibile pentru diverse nevoi. Traversele sunt programate regulat, deși anumite frecvențe depind de momentul zilei și de săptămână. Deși feribotul oferă o conexiune convenabilă către San Francisco, este posibil ca acestea să nu deservească direct toate zonele din San Rafael, așa că poate fi necesară combinarea călătoriilor cu alte moduri de transport.