San Marcos i California har et moderat nivå av gangvennlighet, hvor noen områder er mer tilrettelagt for fotgjengere enn andre. Selv om byen har turstier og gangveier, er mye av infrastrukturen utformet med tanke på biltrafikk, noe som gjør det mindre praktisk å gå til daglige gjøremål. Avstandene mellom viktige steder, som kjøpesentre og boligområder, kan være betydelige, noe som kan gjøre det mindre attraktivt å velge gange som hovedtransportmiddel. Likevel er det milde sør-californiske været stort sett gunstig for utendørsaktiviteter, inkludert gåturer.

Å sykle i San Marcos byr på varierte muligheter med infrastruktur som inkluderer sykkelfelt og stier i enkelte områder, noe som gjør noen destinasjoner tilgjengelige med sykkel. Byens utforming og tilgjengelige ruter kan legge til rette for sykling på kortere strekninger eller til fritidsbruk. Det kuperte terrenget i deler av området kan imidlertid være utfordrende for noen syklister. Det milde været gir som regel gode forhold for sykling, men avstandene mellom viktige steder kan gjøre sykling mindre praktisk for lengre turer.

Kollektivtilbudene i San Marcos inkluderer buss- og bybanetjenester som forbinder viktige områder i byen og nærliggende regioner. BREEZE-bussystemet og SPRINTER-bybanen er sentrale tilbud, og gir tilgang til blant annet høyskoler, kjøpesentre og boligområder. SPRINTER-bybanen går mellom Oceanside og Escondido, med stopp i San Marcos, noe som gjør den til et praktisk valg for lengre reiser. Selv om kollektivtransport er tilgjengelig, kan byens utforming og avstandene mellom enkelte reisemål kreve litt ekstra planlegging for en smidig reise.