Å gå til fots er en praktisk måte å komme seg rundt i Flagstaff på, spesielt i sentrum, som er tilrettelagt for fotgjengere og gir enkel tilgang til butikker, restauranter og kulturelle attraksjoner. Byen har også Flagstaff Urban Trail System (FUTS), et nettverk av stier som forbinder ulike deler av byen, noe som gjør det enkelt både for korte og lengre turer til fots. Flagstaffs høye beliggenhet og tidvis ekstreme værforhold, som snø om vinteren, kan imidlertid påvirke forholdene for å gå. Selv om mange reisemål er tilgjengelige til fots, kan avstanden mellom enkelte områder gjøre at man trenger ekstra transport for lengre strekninger.

For de som foretrekker å sykle, tilbyr Flagstaff et nettverk av sykkelvennlig infrastruktur, inkludert fellesstier og sykkelfelt, som gjør mange områder tilgjengelige med sykkel. Byens kompakte utforming og sammenhengende stinett gir praktiske ruter for pendling eller fritidsturer. Det kuperte terrenget i enkelte områder kan imidlertid være utfordrende for mindre erfarne syklister. Værforhold, som snø eller isete veier om vinteren, kan også påvirke sikkerheten og komforten ved sykling. Alt i alt kan sykling være en praktisk måte å komme seg rundt i Flagstaff på, spesielt i de mildere årstidene, med infrastruktur som støtter ulike sykkelbehov.

Flagstaff tilbyr også offentlig transport gjennom et busssystem som forbinder viktige områder, inkludert sentrum, medisinske fasiliteter og universitetet. Tjenesten er allment tilgjengelig og kan være en praktisk måte å komme seg rundt på for de uten bil. Byens fjellrike terreng og værforhold om vinteren kan imidlertid av og til påvirke rutetider eller tilgjengelighet. Offentlig transport dekker kanskje ikke alle destinasjoner, så det er viktig å planlegge ruter på forhånd. Alt i alt er busser et rimelig alternativ når det gjelder å navigere i Flagstaff, spesielt når det gjelder å komme seg til sentrale steder og severdigheter.