San Rafael sadrži područja koja se mogu prošetati, posebice u središtu grada i stambenim četvrtima, gdje su pločnici i infrastruktura pogodna za pješake dobro održavani. Zbog kompaktnog uređenja grada u određenim područjima pješačenje je praktično rješenje za pristup trgovinama, restoranima i lokalnim uslugama. Međutim, neki dijelovi San Rafaela imaju brdovit teren, što može predstavljati izazove za duže šetnje. Blaga vrijeme tijekom većeg dijela godine općenito je povoljno za šetnju, iako udaljenosti između četvrti i određenih odredišta mogu zahtijevati alternativne mogućnosti prijevoza radi praktičnosti.

Bicikliranje u San Rafaelu donosi i prilike i izazove, s biciklističkim stazama i višestrukim stazama koje povezuju različita područja i omogućuju pristup nekim odredištima biciklom. Most Richmond-San Rafael uključuje biciklističku stazu, pružajući važnu vezu za bicikliste. Ipak, brdovit teren grada i pojedina područja s ograničenom biciklističkom infrastrukturom mogu predstavljati izazov za neke vozače. Vremenski uvjeti uglavnom su povoljni za vožnju bicikla, ali udaljenosti između odredišta mogu varirati, pa se preporučuje planiranje ruta unaprijed.

Javni prijevoz u San Rafaelu uključuje nekoliko opcija koje olakšavaju kretanje gradom i okolnim područjima. Tranzitni centar San Rafael služi kao glavno čvorište, povezujući lokalne i regionalne autobusne linije, željeznicu i druge mogućnosti prijevoza. Marin Transit pruža lokalne autobusne linije, dok Golden Gate Transit nudi regionalne veze, uključujući linije prema San Franciscu i obližnjim okruzima. SMART željeznička usluga povezuje San Rafael sa županijom Sonoma, nudeći pouzdanu alternativu vožnji automobilom. Javni prijevoz je praktičan izbor za mnoga odredišta, iako brdovit teren i razuđenost grada mogu utjecati na preferencije za određene rute.

Trajektna usluga u blizini mjesta San Rafael dostupna je od obližnjeg Larkspura do San Francisca, a nudi praktičnu i slikovitu opciju prijevoza. Vožnja trajektom obično traje oko 35 minuta, što je učinkovit način vožnje. Trajekti su prilagođeni za pješake, bicikle i automobile, što ih čini pristupačnima za različite potrebe. Jedrenja su redovito zakazana, no njihova učestalost ovise o dobu dana i tjednu. Iako trajekti pružaju praktičnu vezu do San Francisca, možda neće izravno opsluživati sva područja unutar San Rafaela, pa će možda biti potrebno kombinirati vožnju trajektom s drugim načinima prijevoza.