San Marcos v Kalifornii má střední úroveň pěší dostupnosti; některé oblasti jsou přívětivější pro chodce než jiné. Město sice nabízí stezky a chodníky, ale velká část infrastruktury je navržena především pro automobily, což ztěžuje pěší přístup k běžným cílům. Vzdálenosti mezi klíčovými místy, jako jsou nákupní centra a obytné čtvrti, mohou být značné, což může odrazovat od chůze jako hlavního způsobu dopravy. Mírné jižní kalifornské počasí však obecně přeje venkovním aktivitám, včetně chůze.

Jízda na kole v San Marcos nabízí různé možnosti díky infrastruktuře, která v některých částech zahrnuje cyklopruhy a stezky, což umožňuje přístup k některým cílům na kole. Rozložení města a dostupné trasy podporují jízdu na kole při kratších cestách do práce nebo pro rekreační účely. Kopcovitý terén v některých oblastech však může být pro některé cyklisty náročný. Mírné počasí obecně vytváří příznivé podmínky pro cyklistiku, ale vzdálenosti mezi klíčovými místy mohou jízdu na kole na delší vzdálenosti ztížit.

Možnosti veřejné dopravy v San Marcos zahrnují autobusové a lehké železniční spoje, které propojují klíčové oblasti města i okolních regionů. Významnými službami jsou autobusový systém BREEZE a lehká železnice SPRINTER, které umožňují přístup k destinacím, jako jsou vysoké školy, nákupní centra a obytné čtvrti. Lehká železnice SPRINTER jezdí mezi Oceanside a Escondido se zastávkami v San Marcos, což z ní činí pohodlnou volbu pro delší dojíždění. Přestože je veřejná doprava k dispozici, rozložení oblasti a vzdálenosti mezi některými cíli mohou vyžadovat další plánování pro plynulou cestu.