Chůze je praktický způsob, jak se pohybovat po Flagstaffu, zejména v centru města, které je přívětivé pro pěší a nabízí snadný přístup k obchodům, restauracím a kulturním atrakcím. Město má také Flagstaff Urban Trail System (FUTS), síť stezek propojujících různé části města, což usnadňuje jak krátké, tak delší procházky. Vysoká nadmořská výška Flagstaffu a občasné extrémní počasí, například sníh v zimě, však mohou ovlivnit podmínky pro chůzi. I když je mnoho cílů dostupných pěšky, rozlehlost některých oblastí může vyžadovat další dopravu na delší vzdálenosti.

Pro ty, kteří dávají přednost jízdě na kole, nabízí Flagstaff síť cyklistické infrastruktury, včetně stezek pro společné užívání a cyklopruhů, díky nimž je mnoho oblastí dostupných na kole. Kompaktní uspořádání města a propojené trasy poskytují pohodlné možnosti pro dojíždění i rekreační jízdy. Kopcovitý terén v některých částech však může být náročný pro méně zkušené cyklisty. Počasí, například sníh nebo namrzlé silnice v zimě, může také ovlivnit bezpečnost a pohodlí při jízdě na kole. Celkově může být cyklistika praktickým způsobem, jak se po Flagstaffu pohybovat, zejména v mírnějších obdobích, přičemž infrastruktura podporuje různé potřeby cyklistů.

Park Flagstaff taky zajišťuje hromadnou dopravu, která spojuje klíčové oblasti města, zdravotnická zařízení a univerzitu. Služba je obecně dostupná a může být praktickým způsobem dopravy pro ty, kteří nemají auto. Hornatý terén města a zimní povětrnostní podmínky ale můžou občas ovlivnit jízdní řády nebo dostupnost. Veřejná doprava nemusí pokrývat všechny cíle, takže je důležité plánovat trasy předem. Celkově vzato, autobusy nabízejí přiměřenou jízdu po Flagstaffu, zejména pokud se chceš dostat na místa v centru města a na hlavní zajímavá místa.