在巴拿馬城，步行在某些地區可以是一個實用的選擇，特別是在行人設施完善的社區。不過，這座城市大多以汽車為主導設計，有些地區可能缺乏足夠的人行道或對行人友善的通道。熱帶氣候帶來高濕度和頻繁降雨，也會令步行變得不太舒適，尤其是在雨季期間。主要目的地之間的距離可能有所不同，因此步行未必總是最有效率的選擇。若想以步行方式探索，最適合選擇景點和設施集中、區域較小的地段。

在巴拿馬城踩單車可能會有挑戰，因為許多地區缺乏專用單車徑和相關設施。城市的布局和交通情況，可能令單車出行變得困難，特別是在繁忙或擠塞的地區。此外，潮濕的氣候亦會令長途踩單車變得不太舒適。雖然部分地區可以用單車到達，但由於基礎設施不普及，加上城市地勢，單車未必是最方便的出行選擇。

巴拿馬城的公共交通選擇多元，包括巴士和地鐵系統。地鐵是穿梭市區，特別是前往市中心地帶時，一種高效且經濟實惠的方式。巴士則稱為 Metro Bus，覆蓋範圍廣泛，但需預先購買 Metro Card 才可乘搭。當地基礎設施方便市內出行，不過熱帶氣候有時會影響通勤時的舒適度。整體而言，公共交通是市內出行的實用選擇，特別適合短途移動或希望避開市區駕駛困難的人士。

巴拿馬城的渡輪為前往附近島嶼（如塔波加島）提供了方便的交通方式，每日均有適合行人乘搭的航班。前往塔波加島的船程約需30分鐘，對旅客來說是一個快捷又易於到達的選擇。渡輪一般由阿馬多堤道出發，班次頻密，方便即日來回。雖然渡輪不設汽車或單車上船，但設施完善，登船及旅程均十分順暢。天氣情況有時會影響班次，但整體而言，渡輪是探索巴拿馬城附近景點既可靠又風景優美的方式。