San Marcos, Kalifornien, har en medelhög grad av gångvänlighet, där vissa områden är mer anpassade för fotgängare än andra. Även om staden erbjuder promenadstigar och gångvägar är mycket av infrastrukturen utformad för fordon, vilket gör det mindre smidigt att gå till vardagliga mål. Avstånden mellan viktiga platser, som köpcentrum och bostadsområden, kan vara betydande, vilket kan avskräcka från att välja promenader som huvudsakligt färdsätt. Det milda klimatet i södra Kalifornien är dock oftast gynnsamt för utomhusaktiviteter, inklusive promenader.

Cykling i San Marcos erbjuder en blandning av möjligheter med infrastruktur som inkluderar cykelbanor och cykelvägar i vissa områden, vilket gör några destinationer tillgängliga med cykel. Stadens utformning och tillgängliga rutter kan underlätta cykling för kortare pendlingar eller rekreation. Det kuperade landskapet i delar av området kan dock innebära utmaningar för vissa cyklister. Det milda vädret ger oftast gynnsamma förutsättningar för cykling, men avstånden mellan viktiga platser kan göra cykling mindre praktiskt för längre resor.

Kollektivtrafikalternativ i San Marcos inkluderar buss- och spårvagnstjänster som förbinder viktiga områden inom staden och de omgivande regionerna. Bussystemet BREEZE och spårvagnen SPRINTER är framträdande tjänster som ger tillgång till destinationer som högskolor, köpcentrum och bostadsområden. Spårvagnen SPRINTER går mellan Oceanside och Escondido, med stopp i San Marcos, vilket gör den till ett bekvämt val för längre pendlingar. Även om kollektivtrafik finns tillgänglig kan områdets utformning och avståndet mellan vissa destinationer kräva extra planering för en smidig resa.