San Rafaelissa on käveltäviä alueita, erityisesti keskustassa ja asuinalueilla, joissa jalkakäytävät ja jalankulkijaystävällinen infrastruktuuri ovat hyvin hoidettuja. Kaupungin tiivis rakenne tietyillä alueilla tekee kävelystä kätevän tavan päästä kauppoihin, ravintoloihin ja paikallisiin palveluihin. Joillakin San Rafaelin alueilla on kuitenkin mäkistä maastoa, mikä voi tehdä pidemmistä kävelyistä haastavia. Lämmin sää suurimman osan vuodesta on yleensä suotuisa kävelylle, mutta etäisyydet naapurustojen ja tiettyjen kohteiden välillä saattavat vaatia vaihtoehtoisia liikkumismuotoja mukavuuden vuoksi.

Pyöräily San Rafaelissa tarjoaa sekä mahdollisuuksia että haasteita: pyöräkaistat ja monikäyttöreitit yhdistävät eri alueita ja tekevät joistakin kohteista saavutettavia pyörällä. Richmond–San Rafael -sillalla on pyörätie, joka tarjoaa tärkeän yhteyden pyöräilijöille. Kaupungin mäkinen maasto ja tietyt alueet, joilla pyöräilyinfrastruktuuri on rajallista, voivat kuitenkin tuoda haasteita joillekin pyöräilijöille. Sääolosuhteet ovat yleensä suotuisat pyöräilylle, mutta etäisyydet kohteiden välillä voivat vaihdella, joten reittien suunnittelu etukäteen on suositeltavaa.

Joukkoliikenne San Rafaelissa tarjoaa useita vaihtoehtoja, jotka tekevät kaupungissa ja sen lähialueilla liikkumisesta helppoa. San Rafael Transit Center toimii keskeisenä solmukohtana, joka yhdistää paikalliset ja alueelliset bussilinjat, junat ja muut liikennemuodot. Marin Transit tarjoaa paikallisia bussireittejä, kun taas Golden Gate Transit tarjoaa alueellisia yhteyksiä, mukaan lukien reitit San Franciscoon ja lähikuntiin. SMART-junaliikenne yhdistää San Rafaelin ja Sonoma Countyn, tarjoten luotettavan vaihtoehdon autoilulle. Joukkoliikenne on käytännöllinen valinta moniin kohteisiin, vaikka kaupungin mäkinen maasto ja laaja-alainen rakenne voivatkin vaikuttaa joidenkin reittien suosioon.

Lauttayhteys lähellä San Rafaelia on saatavilla läheisestä Larkspurista San Franciscoon, ja se tarjoaa käytännöllisen ja luonnonkauniin kuljetusvaihtoehdon. Lauttamatka kestää yleensä noin 35 minuuttia, mikä on tehokas tapa matkustaa. Lautat sopivat jalankulkijoille, pyöräilijöille ja autoille, joten ne sopivat erilaisiin tarpeisiin. Purjehdukset on varattu säännöllisesti, mutta tietyt vuorovälit riippuvat kellonajasta ja viikonajasta. Vaikka lautat tarjoavat kätevän yhteyden San Franciscoon, ne eivät välttämättä palvele kaikkia San Rafaelin alueita, joten lauttamatkojen yhdistäminen muihin kulkumuotoihin saattaa olla tarpeen.