San Marcos, Kalifornia, on kohtuullisen käveltävä kaupunki, ja jotkin alueet ovat jalankulkijoille ystävällisempiä kuin toiset. Vaikka kaupungissa on kävelyreittejä ja polkuja, suuri osa infrastruktuurista on suunniteltu autoilua silmällä pitäen, mikä tekee kävelystä vähemmän kätevää arkipäiväisten kohteiden saavuttamiseksi. Keskeisten paikkojen, kuten ostoskeskusten ja asuinalueiden, väliset etäisyydet voivat olla huomattavia, mikä saattaa vähentää kävelyn houkuttelevuutta ensisijaisena liikkumismuotona. Kuitenkin Etelä-Kalifornian leuto sää on yleensä suotuisa ulkoiluun, mukaan lukien kävelyyn.

Pyöräily San Marcosissa tarjoaa monipuolisia mahdollisuuksia, sillä infrastruktuuriin kuuluu pyöräteitä ja -kaistoja tietyillä alueilla, mikä tekee joistakin kohteista saavutettavia pyörällä. Kaupungin rakenne ja käytettävissä olevat reitit tukevat pyöräilyä lyhyemmillä työmatkoilla tai vapaa-ajan tarkoituksiin. Kuitenkin alueen mäkinen maasto saattaa aiheuttaa haasteita joillekin pyöräilijöille. Lauha sää tarjoaa yleensä suotuisat olosuhteet pyöräilyyn, mutta etäisyydet tärkeimpien paikkojen välillä voivat tehdä pyöräilystä vähemmän käytännöllistä pidemmillä matkoilla.

Joukkoliikennevaihtoehtoihin San Marcosissa kuuluvat bussi- ja lähijunapalvelut, jotka yhdistävät kaupungin keskeisiä alueita sekä ympäröiviä seutuja. BREEZE-bussijärjestelmä ja SPRINTER-lähijuna ovat merkittäviä palveluita, jotka tarjoavat pääsyn esimerkiksi korkeakouluihin, ostoskeskuksiin ja asuinalueille. SPRINTER-lähijuna kulkee Oceansiden ja Escondidon välillä, pysähtyen San Marcosissa, mikä tekee siitä kätevän vaihtoehdon pidemmille työmatkoille. Vaikka joukkoliikenne on saatavilla, alueen rakenne ja joidenkin kohteiden väliset etäisyydet saattavat vaatia lisäsuunnittelua sujuvaa matkustamista varten.