يُعد المشي وسيلة ممتازة للتنقل في سان ميغيل دي أييندي، خاصة في وسط المدينة الصغير والمناسب للمشاة. تشجع الشوارع التاريخية المرصوفة بالحجارة والأرصفة الضيقة على الاستكشاف سيرًا على الأقدام، مما يتيح سهولة الوصول إلى العديد من المعالم والمتاجر والمطاعم. ومع ذلك، قد تشكل المنحدرات الحادة والأسطح غير المستوية في بعض المناطق تحديات للأشخاص الذين لديهم مشاكل في الحركة. عادةً ما يجعل المناخ المعتدل المشي ممتعًا، لكن ارتداء أحذية مريحة أمر ضروري للتنقل في التضاريس. بالنسبة لمعظم الزوار، يوفر المشي وسيلة مريحة وغامرة لتجربة سحر هذه المدينة النابضة بالحياة.

ركوب الدراجات في سان ميغيل دي أييندي يواجه بعض التحديات بسبب التلال الحادة وشوارع المدينة المرصوفة بالحجارة. على الرغم من أن بعض المناطق قد تكون مناسبة لركوب الدراجات، إلا أن التضاريس غير المستوية وحالة الطرق تتطلب الحذر وقد لا تكون مثالية لجميع الدراجين. حجم المدينة الصغير يعني أن المسافات عادة قصيرة، لكن غياب مسارات الدراجات المخصصة وطبيعة التضاريس قد يثني راكبي الدراجات غير المعتادين.

وسائل النقل العامة في سان ميغيل دي أييندي محدودة، حيث تربط الحافلات بشكل أساسي بين المدن والبلدات المجاورة بدلاً من أن تكون خياراً شاملاً للتنقل داخل المدينة نفسها. الشوارع الضيقة المرصوفة بالحجارة والتضاريس الجبلية في المدينة تجعل التنقل بالحافلة أقل عملية للمسافات القصيرة. غالباً ما تُستخدم سيارات الأجرة المحلية للتنقل داخل المدينة، ويفضل الكثيرون المشي بسبب تخطيط مركز المدينة التاريخي المدمج. قد تكون وسائل النقل العامة أكثر ملاءمة للوصول إلى وجهات خارج المدينة بدلاً من استخدامها للتنقل اليومي داخل سان ميغيل دي أييندي.