Att promenera i Mombasa kan vara ett praktiskt alternativ för korta sträckor, särskilt i områden som centrum där sevärdheter och faciliteter ligger relativt nära varandra. Det tropiska klimatet, som kännetecknas av höga temperaturer och luftfuktighet, kan dock göra det mindre bekvämt att promenera under dagen. Dessutom kan vissa områden sakna fotgängarvänlig infrastruktur, till exempel trottoarer eller övergångsställen, vilket kan innebära utmaningar. Även om det är möjligt att promenera i vissa delar av staden är det viktigt att tänka på de aktuella sträckorna och de lokala förhållandena innan du ger dig ut till fots.

Cykling i Mombasa är ett annat alternativ för att ta sig runt, särskilt för kortare sträckor. Staden har arbetat med att förbättra sin cykelinfrastruktur, med vissa viktiga stråk utformade för att underlätta för cyklister. Tillgången till särskilda cykelbanor och säkra cykelvägar kan dock variera mellan olika områden. Mombasas relativt platta terräng gör det hanterbart att cykla, men den livliga stadsmiljön och trafiksituationen kan innebära utmaningar. Det är viktigt att planera sina rutter noggrant och vara uppmärksam när man färdas på vägarna.

Kollektivtrafiken i Mombasa omfattar alternativ som bussar, matatus (delade minibussar) och tuk-tuks, som är vanliga sätt att ta sig runt i staden. Dessa alternativ är generellt prisvärda och ger tillgång till många områden inom staden. Infrastrukturen kan dock ibland orsaka trängsel, särskilt under rusningstid. Tuk-tuks är särskilt populära för kortare sträckor och för att ta sig fram på smala gator. Även om kollektivtrafiken är tillgänglig kan det tropiska klimatet och tillfälliga trafikförhållanden påverka komfort och restid.

Färjor i Mombasa, i synnerhet Likoni-färjan, är viktiga transportalternativ som förbinder Mombasa med fastlandet. De kör ofta och tar emot fotgängare, bilar och motorcyklar. Överfarten tar vanligtvis cirka 10 minuter, vilket gör det till ett snabbt sätt. Färjor är särskilt användbara för att ta sig till områden som Diani Beach. Höga passagerarvolymer kan dock leda till trängsel och väderförhållanden kan ibland påverka verksamheten. Infrastrukturen stöder resor för blandad användning, men planering i förväg under rusningstid är att rekommendera för en smidigare upplevelse.