Kävely on erinomainen tapa navigoida San Miguel de Allendessa, etenkin sen kompaktissa ja jalankulkijoille sopivassa keskustassa. Historialliset mukulakivikadut ja kapeat jalkakäytävät houkuttelevat tutustumaan jalan, joten pääset helposti moniin nähtävyyksiin, kauppoihin ja ravintoloihin. Joidenkin alueiden jyrkät rinteet ja epätasaiset pinnat voivat kuitenkin aiheuttaa haasteita liikuntarajoitteisille. Leuto ilmasto tekee kävelystä yleensä miellyttävää, mutta mukavat jalkineet ovat välttämättömiä maastossa liikkumisessa. Useimmille vierailijoille kävely on kätevä ja mukaansatempaava tapa kokea tämän eloisan kaupungin viehätys.

Pyöräily San Miguel de Allendessa voi olla haastavaa kaupungin jyrkkien mäkien ja mukulakivikatujen vuoksi. Vaikka joihinkin alueisiin voi päästä pyörällä, epätasainen maasto ja tienpinta vaativat varovaisuutta eivätkä välttämättä sovi kaikille pyöräilijöille. Kaupungin kompaktin koon ansiosta etäisyydet ovat yleensä lyhyitä, mutta pyöräteiden puute ja maaston muodot saattavat karkottaa satunnaisia pyöräilijöitä.

Joukkoliikenne San Miguel de Allendessa on rajallista, sillä bussit yhdistävät pääasiassa lähikaupunkeja ja -kyliä sen sijaan, että ne palvelisivat kattavasti liikkumista itse kaupungin sisällä. Kaupungin kapeat mukulakivikadut ja mäkinen maasto tekevät bussilla liikkumisesta vähemmän käytännöllistä lyhyillä matkoilla. Paikalliset taksit ovat yleisempi vaihtoehto keskustan sisäiseen liikkumiseen, ja kävelyä suositaan usein historiallisen keskustan kompaktin rakenteen vuoksi. Joukkoliikenne soveltuu paremmin kaupungin ulkopuolisiin kohteisiin matkustamiseen kuin päivittäiseen liikkumiseen San Miguel de Allenden sisällä.